Tujuan SMA Negeri Siwalima Ambon sejalan dengan rumusan visi dan misi, yakni:

1. Meningkatkan keimanan dan ketakwaan serta menerapkan pemahaman dalam kehidupan sehari-hari;

2. Meningkatkan kemampuan bernalar kritis, kerjasama dan kemandirian yang bertanggung jawab atas proses dan hasil belajar;

3. Meningkatkan  kreatifitas, mampu memodifikasi dan menghasilkan sesuatu yang orisinal, bermakna, bermanfaat, dan berdampak berbasis data;

4. Meningkatkan daya saing siswa secara global;

5. Meningkatkan dan mempertahankan budaya luhur, lokalitas dan identitas, dan tetap berpikiran terbuka dalam berinteraksi dengan budaya lain;

6. Meningkatkan perencanaan yang berbasis data dengan identifikasi, refleksi dan benahi kualitas pendidikan secara menyeluruh.